Desinfektion betyder "uskadeliggørelse af infektiøst materiale", altså at dræbe sygdomsfremkaldende mikroorganismer eller reducere deres antal så meget, at de ikke udgør smitterisiko – i hvert fald ikke for patienter med normalt infektionsforsvar.
Desinfektion er ikke så omfattende som sterilisation, hvor målet er helt at udrydde alle mikroorganismer.
Desinfektion kan foretages ved vask, opvarmning eller kemisk desinfektion.