Patogen betyder ”sygdomsfremkaldende” eller mere nøjagtigt: ”giver infektion ved indtrængning i værtsorganismen”, enten med sygdom til følge eller stum infektion.
Nogle mikroorganismer er absolut patogene, dvs. at de altid giver infektion (manifest eller stum) ved indtrængning, f.eks. tuberkulose og mæslinger.
Nogle er lejlighedsvis patogene, dvs. at de under visse omstændigheder giver infektion, f.eks. normalflora, der via barrierebrud trænger ind, eller tarmbakterier, der kommer op i blæren i større antal.
Nogle kan kun give infektion hos personer med et svækket forsvar. Disse kaldes opportuniske mikroorganismer.
Nogle er apatogene, dvs. at de aldrig giver infektion, f.eks. mælkesyrebakterier.