Et allergen er et stof, der ikke er relateret til en mikroorganisme, men som aktiverer det specifikke infektionsforsvar (immunsystemet) på samme måde som et antigen fra en mikroorganisme. Allergenerne er ikke i sig selv farlige, og immunsystemets aktivering er en fejl, som kaldes allergi.
Eksempler på allergener kan være græspollen, kattehår, husstøvmider eller nikkel.