På overfladen af alle celler – også mikroorganismer – sidder proteiner, de kaldes overfladeproteiner.
Disse proteiner har forskellige funktioner. Nogle er f.eks. receptorer, nogle er dele af bæreproteiner og pumper, nogle har markørfunktion, dvs. det er dem, som immunsystemet genkender ”egne” og ”fremmede” celler på f.eks. mikroorganismer. Vi siger, at disse overfladeproteiner er antigene.