En autoimmun lidelse er en sygdom, der skyldes, at det specifikke infektionsforsvar (immunsystemet) ved en fejl er blevet aktiveret og ”kodet” til at reagere på et overfladeantigen på organismens egne celler.
Immunsystemet reagerer på samme måde overfor dette antigen som, hvis der var tale om et antigen fra en mikroorganisme. Der uddannes T-lymfocytter, som går til angreb på de celler, som har størst koncentration af dette antigen, og der udvikles antistoffer, som reagerer med antigenet.
Resultatet er en kronisk inflammation med vævsødelæggelse.